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医院前身系国民政府中央医院,1929年建于南京,1941年迁至重庆,1950年正式命名,现为第三军医大学第一附属医院、西南临床医学院。
拥有国家重点学科10个(烧伤科、肝胆外科、感染病科、泌尿外科、神经外科、骨科、胸心外科、整形外科、心血管内科、呼吸内科),国家重点培育学科2个(消化内科、眼科);国家中医药管理局重点学科1个(中西医结合科),全军医学研究所7个(烧伤科、肝胆外科、感染病科、泌尿外科、消化内科、神经外科、病理科),全军医学专科、专病中心7个(骨科、眼科、普通外科、检验科、妇产科、心血管内科、康复理疗科)。